案例分析
问题表现
使用毕昇编译器构建Gromacs,编译选项和链接选项如下:
"-mcpu=tsv110 -O3"
在make构建的过程中遇到的undefined reference问题如下:
/usr/bin/ld: ../../lib/libgromacs_mpi.so.4.0.0: undefined reference to `f90_str_copy_klen'
/usr/bin/ld: ../../lib/libgromacs_mpi.so.4.0.0: undefined reference to `__pd_powi_1'
/usr/bin/ld: ../../lib/libgromacs_mpi.so.4.0.0: undefined reference to `f90_strcmp_klen'
/usr/bin/ld: ../../lib/libgromacs_mpi.so.4.0.0: undefined reference to `__ps_powi_1'
原因分析
首先运行"make -j 1 VERBOSE=1"找到出错的具体命令,大致如下:
mpicxx ... somefile.cpp -lgromacs_mpi
由于libgromacs_mpi.so.4.0.0含有毕昇Fortran编译器构建出来的函数,而mpicxx没有链接对应的库,导致符号找不到。__pd_powi_1
是libpgmath.so(在BiSheng 2.3.0之后改为libbsmath.so)的函数,f90_str_copy_klen
和f90_strcmp_klen
是libflang.so的函数。
解决方案
经过尝试,以下两个方案均可以解决上述问题:
- 方案1:使用lld链make接器而不是默认的ld链接器,可以在链接时添加选项
"-fuse-ld=lld"
来指定使用lld链接器 - 方案2:在使用ld链接器进行链接时,添加链接选项
"-lpgmath -lflang"
可以解决,即mpicxx ... somefile.cpp -lgromacs_mpi -lpgmath -lflang
补充说明
遇到别的符号找不到可以试试:
libs=`ls /path-to-bisheng-install/lib/*.so -l|awk -F " " '{print $9}'`
for lib in $libs
doobjdump -D $lib |grep f90_strcmp_klenif [ $? -eq 0 ];thenecho "$lib"fi
done