Following this guide, I managed to convert my IBS matrix into a phylo object. Now. everything works just fine for small test cases.
However, I'm now trying to scale to the entire dataset of 300 samples and the package phangorn seems to stop collaborating... and I couldn't find any way around this.
Everything works well till the command
pdist <- dist(ibs_matrix_t, method="euclidean", diag=TRUE, upper=TRUE, p=2)
but when I launch the
distances <- distanceHadamard(as.matrix(pdist))
I got prompted with:
Error in distanceHadamard(as.matrix(pdist)) : Hadamard conjugation works only efficient for n < 24
Anyone has any idea on how to circumvent this problem?
These are dputs of ibs_matrix_t and pdist in order — (first 8 rows out of 300)
structure(c(0, 0.0989238, 0.0866984, 0.0890377, 0.0914165, 0.0931102,
0.0986318, 0.0950865, 0.0989238, 0, 0.0960683, 0.0940636, 0.0947124,
0.0919737, 0.0954716, 0.092703, 0.0866984, 0.0960683, 0, 0.0859928,
0.0892208, 0.0946745, 0.0974526, 0.0934433, 0.0890377, 0.0940636,
0.0859928, 0, 0.0838224, 0.0890456, 0.0971622, 0.0871451, 0.0914165,
0.0947124, 0.0892208, 0.0838224, 0, 0.0801982, 0.102891, 0.0900543,
0.0931102, 0.0919737, 0.0946745, 0.0890456, 0.0801982, 0, 0.0900685,
0.0884174, 0.0986318, 0.0954716, 0.0974526, 0.0971622, 0.102891,
0.0900685, 0, 0.0962561, 0.0950865, 0.092703, 0.0934433, 0.0871451,
0.0900543, 0.0884174, 0.0962561, 0, 0.0935759, 0.0923257, 0.0935427,
0.0891956, 0.0914449, 0.0805139, 0.0849021, 0.0926714, 0.0934212,
0.0953785, 0.095036, 0.0876234, 0.0935885, 0.0918948, 0.0963966,
0.0965482, 0.0921473, 0.0889746, 0.0917827, 0.0912271, 0.0922736,
0.0904473, 0.0936927, 0.0729703, 0.0965576, 0.0964503, 0.0943083,
0.0905767, 0.0915317, 0.0935064, 0.0978441, 0.0938916, 0.0946982,
0.0887662, 0.0938126, 0.0884395, 0.0907393, 0.0917638, 0.100398,
0.0906494, 0.0967865, 0.0910535, 0.0932397, 0.0898207, 0.089194,
0.0907425, 0.0960557, 0.0909003, 0.09025, 0.100409, 0.0920037,
0.0882343, 0.0923431, 0.0947376, 0.101513, 0.0968497, 0.095901,
0.0856061, 0.0922752, 0.0886447, 0.0901048, 0.0877292, 0.0981756,
0.0902326, 0.0871767, 0.0933454, 0.0840213, 0.081442, 0.0850962,
0.0905404, 0.096665, 0.0911655, 0.0972948, 0.0974874, 0.0969081,
0.0914907, 0.0948292, 0.0942057, 0.102897, 0.0977478, 0.0877102,
0.0914733, 0.0808896, 0.0774264, 0.0832463, 0.0878254, 0.0967313,
0.0909003, 0.0943651, 0.0964456, 0.0940005, 0.0942373, 0.0973043,
0.0990011, 0.102625, 0.0952759, 0.0922941, 0.0888088, 0.0833362,
0.0903731, 0.0923226, 0.092542, 0.0974163, 0.0888672, 0.0993153,
0.0905483, 0.0984392, 0.0949918, 0.0998267, 0.0895113, 0.0917464,
0.0924851, 0.0902184, 0.101757, 0.0908577, 0.0914133, 0.0985939,
0.0994857, 0.0979609, 0.0984218, 0.100441, 0.0939247, 0.101168,
0.0978725, 0.100684, 0.097541, 0.0995394, 0.0972253, 0.0987075,
0.0971859, 0.0993626, 0.0960162, 0.0985023, 0.0960794, 0.0994636,
0.085052, 0.0941362, 0.0977068, 0.0926414, 0.0902169, 0.0941615,
0.0952143, 0.0990343, 0.0962467, 0.081873, 0.0962056, 0.0837687,
0.0825438, 0.0858602, 0.0922989, 0.100535, 0.090291, 0.0917212,
0.0991716, 0.0963951, 0.0900211, 0.0808454, 0.0911261, 0.101026,
0.0956342, 0.104924, 0.098878, 0.107656, 0.10472, 0.105492, 0.100477,
0.0990438, 0.0922594, 0.0978362, 0.0935996, 0.0989806, 0.0949207,
0.0959957, 0.0932917, 0.0976831, 0.0840986, 0.0929429, 0.100343,
0.0946335, 0.0871325, 0.0940447, 0.0959625, 0.0999498, 0.0956532,
0.0946145, 0.0963098, 0.095781, 0.0937479, 0.09559, 0.0957558,
0.0982971, 0.0973563, 0.0938347, 0.0874766, 0.0921189, 0.0891135,
0.0905799, 0.0891798, 0.0909035, 0.09037, 0.0941126, 0.100123,
0.0950865, 0.0924504, 0.0929666, 0.0960872, 0.10105, 0.0970501,
0.0999861, 0.098335, 0.100682, 0.0957289, 0.0994873, 0.0985134,
0.100916, 0.098706, 0.0940147, 0.0968307, 0.0953864, 0.0945309,
0.0998046, 0.0960778, 0.100861, 0.0967818, 0.107676, 0.0929839,
0.104215, 0.103053, 0.106594, 0.101137, 0.0980777, 0.0957479,
0.0886889, 0.0982892, 0.0920747, 0.0958189, 0.0956437, 0.0955758,
0.0979435, 0.0838003, 0.095901, 0.0884632, 0.0952617, 0.0872146,
0.0910266, 0.0938789, 0.0992647, 0.0925941, 0.0947108, 0.0870173,
0.0970043, 0.0905894, 0.0930408, 0.0902295, 0.0985576, 0.0915238,
0.101937, 0.100071, 0.102807, 0.0955963, 0.101451, 0.100998,
0.10204, 0.0985386, 0.0971464, 0.0895602, 0.0948623, 0.094392,
0.098245, 0.096283, 0.0949444, 0.0958378, 0.102501, 0.0996878,
0.104349, 0.0970217, 0.100136, 0.100532, 0.103538, 0.0991558,
0.0920211, 0.0990832, 0.0937274, 0.0906999, 0.0927282, 0.0931023,
0.102068, 0.0980209, 0.0956137, 0.0934354, 0.0958079, 0.0922531,
0.0959547, 0.0958931, 0.0982608, 0.0929003, 0.0802029, 0.0972064,
0.0835288, 0.0870425, 0.0909177, 0.0923936, 0.0992095, 0.0938963,
0.0819472, 0.0982561, 0.084127, 0.0855066, 0.0904805, 0.0936359,
0.100992, 0.0951386, 0.07754, 0.0957873, 0.0804523, 0.084408,
0.0896439, 0.091044, 0.0999624, 0.0908072, 0.0786718, 0.0966003,
0.0786418, 0.0851767, 0.088048, 0.0909793, 0.0977068, 0.0919011,
0.0812258, 0.0960857, 0.0809938, 0.0850094, 0.0872651, 0.0900069,
0.0976657, 0.0938931, 0.0818398, 0.0992695, 0.0830411, 0.0849763,
0.0899406, 0.0928529, 0.0989459, 0.0955742, 0.0887804, 0.0984629,
0.0881727, 0.0930345, 0.0957447, 0.0951023, 0.0984234, 0.0978299,
0.107519, 0.105978, 0.108082, 0.104025, 0.105388, 0.106567, 0.1006,
0.103568, 0.105902, 0.0961472, 0.107653, 0.103514, 0.105988,
0.0983176, 0.0993942, 0.102617, 0.0839881, 0.0948323, 0.088501,
0.085202, 0.092433, 0.0929303, 0.100826, 0.0910266, 0.0981267,
0.08846, 0.0968244, 0.092935, 0.0969365, 0.0905389, 0.097178,
0.090239, 0.109143, 0.0932349, 0.112368, 0.103964, 0.105658,
0.101666, 0.0983603, 0.0983729, 0.0986697, 0.0910487, 0.0969033,
0.0959941, 0.0973279, 0.0902137, 0.0961741, 0.0987849, 0.115569,
0.100498, 0.117357, 0.112919, 0.115032, 0.110759, 0.111072, 0.109585,
0.101018, 0.0937542, 0.100944, 0.0971117, 0.102098, 0.0987533,
0.100095, 0.0967139, 0.105457, 0.0901427, 0.105187, 0.0999403,
0.102382, 0.0986049, 0.098245, 0.0941094, 0.101662, 0.0904489,
0.104966, 0.0979609, 0.100018, 0.0997162, 0.0995457, 0.0921205,
0.101798, 0.0892335, 0.103173, 0.0956405, 0.097268, 0.0969665,
0.0978346, 0.0943556, 0.100578, 0.0937558, 0.103452, 0.0982466,
0.0984566, 0.0983287, 0.0998661, 0.098013, 0.095197, 0.0965198,
0.0976578, 0.0935475, 0.0961788, 0.094343, 0.096998, 0.0991069,
0.103924, 0.0966445, 0.102688, 0.0992284, 0.100916, 0.0979751,
0.0987075, 0.0985339, 0.101779, 0.0845738, 0.103265, 0.0998709,
0.101887, 0.0914575, 0.0892256, 0.0923731, 0.0974574, 0.0874655,
0.100654, 0.0953375, 0.0976847, 0.0928308, 0.0910976, 0.09189,
0.10284, 0.0941646, 0.101421, 0.0986933, 0.103247, 0.0976231,
0.0945861, 0.0985418, 0.101025, 0.0929776, 0.103722, 0.0978536,
0.10009, 0.0968812, 0.0986365, 0.094141, 0.0979372, 0.0877718,
0.102775, 0.0965024, 0.0993137, 0.0924962, 0.0935159, 0.0916249,
0.103899, 0.0967644, 0.107127, 0.101962, 0.10466, 0.0975837,
0.100981, 0.0979151, 0.102104, 0.0939026, 0.105553, 0.0986775,
0.100397, 0.0950123, 0.0967076, 0.0961835, 0.10177, 0.0911845,
0.102911, 0.098425, 0.101842, 0.0955079, 0.0940557, 0.0947787,
0.100884, 0.0916406, 0.10386, 0.0976405, 0.098908, 0.0975963,
0.0904268, 0.0945751, 0.104715, 0.0879928, 0.107905, 0.102946,
0.106998, 0.0944882, 0.0870062, 0.0937022, 0.101047, 0.0988622,
0.100543, 0.0978536, 0.100002, 0.0975694, 0.0982324, 0.100632,
0.10586, 0.102497, 0.104179, 0.104535, 0.106371, 0.10499, 0.10469,
0.10421, 0.104221, 0.102819, 0.10558, 0.102426, 0.104767, 0.103399,
0.10427, 0.102392, 0.103986, 0.102619, 0.105377, 0.102163, 0.104545,
0.103142, 0.104032, 0.102153, 0.10645, 0.0944567, 0.10959, 0.101921,
0.105427, 0.0965639, 0.0968544, 0.097208, 0.105738, 0.096987,
0.105279, 0.100297, 0.105476, 0.0976863, 0.0953943, 0.0986902,
0.103535, 0.0987517, 0.104796, 0.0979925, 0.100558, 0.101247,
0.102532, 0.0965308, 0.101779, 0.0885389, 0.105636, 0.0997288,
0.101997, 0.0933391, 0.0967739, 0.096534, 0.104696, 0.09019,
0.107729, 0.100922, 0.103102, 0.0963382, 0.0887425, 0.0919248,
0.10407, 0.0992079, 0.104933, 0.101776, 0.104502, 0.0992821,
0.100125, 0.0995315, 0.10522, 0.0902247, 0.10633, 0.102002, 0.104516,
0.0932728, 0.0878775, 0.0954511, 0.103588, 0.086509, 0.108477,
0.101752, 0.102966, 0.0942641, 0.0907125, 0.0899454, 0.0976468,
0.0852778, 0.100559, 0.0946145, 0.0977162, 0.0917259, 0.094905,
0.0910945, 0.0983176, 0.0892098, 0.101606, 0.0965229, 0.0994952,
0.0906825, 0.089063, 0.090209, 0.0990138, 0.0930281, 0.101396,
0.0962782, 0.0970943, 0.0887867, 0.0900116, 0.0944535, 0.104078,
0.097691, 0.105765, 0.100891, 0.103023, 0.0960162, 0.0977462,
0.0955395, 0.105332, 0.0977368, 0.10886, 0.101637, 0.104818,
0.0991306, 0.100176, 0.0967313, 0.104502, 0.103183, 0.10713,
0.102392, 0.103956, 0.102521, 0.105577, 0.103055, 0.104471, 0.0970864,
0.106092, 0.0993673, 0.102851, 0.0983255, 0.101391, 0.0937227,
0.104284, 0.102819, 0.105119, 0.101669, 0.102109, 0.0997272,
0.104037, 0.102827, 0.102264, 0.100546, 0.10313, 0.0992979, 0.0997288,
0.103048, 0.103872, 0.100696, 0.107495, 0.0977841, 0.111023,
0.104333, 0.106324, 0.102812, 0.104327, 0.0974574, 0.103224,
0.0868926, 0.106783, 0.101776, 0.102763, 0.0966934, 0.0956453,
0.0944867, 0.104188, 0.10058, 0.106573, 0.103555, 0.103828, 0.102185,
0.105029, 0.101626, 0.0996325, 0.0946382, 0.100509, 0.0976957,
0.1004, 0.0965971, 0.0949934, 0.092332, 0.102693, 0.0860781,
0.10279, 0.101148, 0.105677, 0.09562, 0.0871404, 0.0839834, 0.103246,
0.089999, 0.102878, 0.099058, 0.102554, 0.0981014, 0.0959862,
0.088501, 0.105907, 0.0886889, 0.10928, 0.102821, 0.104717, 0.0986191,
0.0937195, 0.0985055, 0.100075, 0.0923652, 0.104395, 0.100057,
0.103326, 0.0942136, 0.0955679, 0.0959057, 0.10135, 0.103809,
0.0982861, 0.0958615, 0.100542, 0.102526, 0.105673, 0.102059,
0.105254, 0.0913944, 0.10773, 0.103298, 0.105276, 0.0955821,
0.0940289, 0.0965892, 0.105306, 0.0854388, 0.108631, 0.102611,
0.105946, 0.0900306, 0.0863748, 0.0924993, 0.101309, 0.0904899,
0.104925, 0.099511, 0.100782, 0.0962688, 0.091205, 0.0923857,
0.107028, 0.0848942, 0.109902, 0.1041, 0.10645, 0.0925325, 0.0923052,
0.0968291, 0.101795, 0.0819566, 0.105105, 0.0992142, 0.101865,
0.0921805, 0.0870504, 0.0850363, 0.102867, 0.0937274, 0.10469,
0.100586, 0.102479, 0.0978204, 0.0978331, 0.0945151, 0.103733,
0.0922831, 0.105023, 0.0997257, 0.103348, 0.0873787, 0.0918301,
0.094081, 0.103576, 0.0897859, 0.101519, 0.0996688, 0.103351,
0.0888657, 0.0833346, 0.0955742, 0.107121, 0.0938584, 0.111536,
0.106283, 0.107607, 0.0993089, 0.103404, 0.0962119, 0.0967439,
0.0889872, 0.0956027, 0.0938663, 0.0976089, 0.0964487, 0.0966381,
0.0954385, 0.103523, 0.100076, 0.104409, 0.100848, 0.104366,
0.0947866, 0.0923052, 0.100854, 0.102245, 0.0949081, 0.104624,
0.0971038, 0.100606, 0.0947076, 0.0988938, 0.0962041, 0.101752,
0.090441, 0.106149, 0.100261, 0.102065, 0.0926682, 0.0883779,
0.0952885, 0.100644, 0.0959247, 0.101186, 0.0955221, 0.101033,
0.0972743, 0.098114, 0.09759, 0.108778, 0.098215, 0.108158, 0.103659,
0.109113, 0.0990564, 0.10025, 0.100865, 0.103394, 0.0895349,
0.105135, 0.100962, 0.104395, 0.0972332, 0.0991558, 0.0976247,
0.0775637, 0.0958836, 0.080476, 0.0844443, 0.0896802, 0.0911055,
0.100011, 0.0908214, 0.102226, 0.0891877, 0.105722, 0.0997557,
0.103492, 0.0852462, 0.0830742, 0.0899501, 0.105258, 0.0980256,
0.102453, 0.101598, 0.104785, 0.0984376, 0.0968055, 0.0980588,
0.10206, 0.0941615, 0.105367, 0.0998488, 0.101685, 0.0933675,
0.0965687, 0.0890235, 0.106431, 0.0926288, 0.110534, 0.103538,
0.106128, 0.0993958, 0.0940605, 0.0967407, 0.108246, 0.0870978,
0.110297, 0.10648, 0.109446, 0.0998409, 0.0990043, 0.0960494,
0.112399, 0.0927503, 0.114627, 0.110826, 0.113422, 0.104673,
0.10388, 0.0993658, 0.104988, 0.0970201, 0.103582, 0.09741, 0.100057,
0.10046, 0.103692, 0.0940384, 0.10076, 0.0823639, 0.103473, 0.0977336,
0.100359, 0.0946082, 0.0914607, 0.0778226, 0.105519, 0.0922057,
0.107086, 0.1041, 0.107236, 0.100109, 0.093849, 0.0975395, 0.101836,
0.095579, 0.103025, 0.0992237, 0.10153, 0.0996341, 0.10204, 0.0986839,
0.0950533, 0.100313, 0.0996136, 0.0961188, 0.0904663, 0.0945656,
0.10273, 0.101189, 0.0928656, 0.0991511, 0.0965924, 0.0898459,
0.0837545, 0.0922168, 0.100299, 0.0960052, 0.107356, 0.109702,
0.107582, 0.103954, 0.106526, 0.107219, 0.109814, 0.106117, 0.105631,
0.0989033, 0.106722, 0.103407, 0.104974, 0.103738, 0.103896,
0.0986018, 0.102561, 0.101471, 0.102357, 0.100516, 0.101718,
0.100352, 0.0992221, 0.100734, 0.108453, 0.108358, 0.107833,
0.105355, 0.106884, 0.107205, 0.1086, 0.106298, 0.104707, 0.104231,
0.10701, 0.101318, 0.103309, 0.102351, 0.106224, 0.10028, 0.105792,
0.10231, 0.107012, 0.104224, 0.106152, 0.105471, 0.103858, 0.105541,
0.107124, 0.108857, 0.10913, 0.10621, 0.106085, 0.107006, 0.110785,
0.10819, 0.101101, 0.103958, 0.102851, 0.0984029, 0.102344, 0.101418,
0.106087, 0.101661, 0.105265, 0.101912, 0.106109, 0.102658, 0.105315,
0.104802, 0.104044, 0.102662, 0.100026, 0.0916375, 0.101713,
0.0985118, 0.100575, 0.0959673, 0.093549, 0.0922231, 0.101683,
0.0931528, 0.104434, 0.099762, 0.102043, 0.0995283, 0.100649,
0.0964061, 0.100793, 0.0975158, 0.103793, 0.098234, 0.0997541,
0.0969459, 0.0988307, 0.0969965, 0.13559, 0.132812, 0.137319,
0.129868, 0.134463, 0.133253, 0.13485, 0.133991, 0.106297, 0.105877,
0.105421, 0.103864, 0.105883, 0.104218, 0.106614, 0.105752, 0.110276,
0.117834, 0.109252, 0.110256, 0.115476, 0.115342, 0.119373, 0.117236,
0.124328, 0.126844, 0.127086, 0.121113, 0.124492, 0.124036, 0.125005,
0.123247, 0.103655, 0.0935333, 0.10628, 0.100865, 0.10397, 0.0919406,
0.0898791, 0.0959752, 0.10594, 0.10546, 0.109506, 0.106131, 0.106313,
0.102917, 0.101566, 0.093658, 0.126792, 0.122151, 0.128637, 0.121862,
0.126088, 0.12084, 0.122128, 0.12065, 0.111621, 0.0982198, 0.115114,
0.109823, 0.113203, 0.107219, 0.108965, 0.105918, 0.114382, 0.113618,
0.114494, 0.111507, 0.113943, 0.1132, 0.113537, 0.113316, 0.110336,
0.111653, 0.110483, 0.106859, 0.109004, 0.110884, 0.111733, 0.109893,
0.103399, 0.0987738, 0.103928, 0.0987438, 0.103961, 0.100774,
0.102359, 0.0961457, 0.105505, 0.0999514, 0.104695, 0.102119,
0.105523, 0.103685, 0.104278, 0.10227, 0.104275, 0.094624, 0.104621,
0.101404, 0.103416, 0.0974511, 0.0977131, 0.0906825, 0.107053,
0.107372, 0.109438, 0.102089, 0.106109, 0.107992, 0.109239, 0.106231,
0.108807, 0.106881, 0.111858, 0.105857, 0.10594, 0.107249, 0.108174,
0.105967, 0.110354, 0.108608, 0.111583, 0.109882, 0.111285, 0.110008,
0.110589, 0.109424, 0.101372, 0.0988685, 0.103798, 0.100673,
0.103547, 0.100758, 0.101276, 0.0988007, 0.0998377, 0.0936722,
0.103726, 0.0984913, 0.100747, 0.0991479, 0.0965782, 0.0923068,
0.097571, 0.0953201, 0.0982892, 0.0966192, 0.0980383, 0.0936327,
0.095227, 0.0970138, 0.100815, 0.0825296, 0.10343, 0.0978552,
0.100477, 0.094815, 0.0914907, 0.0778273, 0.103571, 0.0978031,
0.105792, 0.101126, 0.102021, 0.100267, 0.103396, 0.102379, 0.101301,
0.101996, 0.103689, 0.0977794, 0.0991953, 0.101325, 0.102597,
0.0989191, 0.104007, 0.0996594, 0.103964, 0.102474, 0.105134,
0.103781, 0.0999609, 0.100902, 0.101746, 0.100502, 0.103421,
0.0999072, 0.10406, 0.100643, 0.100302, 0.0938711, 0.0925499,
0.0938568, 0.0940384, 0.0905278, 0.092834, 0.0928798, 0.0947266,
0.0879265, 0.103615, 0.101661, 0.103336, 0.101931, 0.10323, 0.102663,
0.101022, 0.0991906, 0.0957447, 0.0978725, 0.0977162, 0.0943288,
0.0948608, 0.0953422, 0.0991053, 0.0983413, 0.106531, 0.0898648,
0.110074, 0.104736, 0.105407, 0.0937842, 0.0949081, 0.0985071,
0.101812, 0.0987975, 0.104324, 0.0977005, 0.0997825, 0.0983697,
0.101754, 0.0991369, 0.101086, 0.0948103, 0.105527, 0.101662,
0.103931, 0.0959925, 0.0953296, 0.0944267, 0.102573, 0.101181,
0.102613, 0.101198, 0.104764, 0.101653, 0.100485, 0.103067, 0.101872,
0.101898, 0.102193, 0.100728, 0.102172, 0.101322, 0.102306, 0.102812,
0.104562, 0.103167, 0.104943, 0.100002, 0.104079, 0.102837, 0.104889,
0.102569, 0.0933801, 0.098305, 0.0947645, 0.0893755, 0.0913218,
0.0947834, 0.0995378, 0.0953201, 0.0913628, 0.0985986, 0.0950518,
0.0902689, 0.0917069, 0.0961157, 0.100523, 0.0954559, 0.0892413,
0.0967991, 0.0920211, 0.0898869, 0.0920037, 0.0946603, 0.0988243,
0.0959578, 0.0954274, 0.100516, 0.096455, 0.0950123, 0.0947392,
0.0975442, 0.103476, 0.101086, 0.0940021, 0.100584, 0.0972743,
0.095639, 0.0950186, 0.0982845, 0.103222, 0.0992253, 0.0931718,
0.099672, 0.0971259, 0.0943604, 0.093418, 0.0956326, 0.100652,
0.0999735, 0.0953043, 0.101549, 0.0960478, 0.0930076, 0.0965734,
0.0992868, 0.103375, 0.10001, 0.0864253, 0.0981914, 0.0879738,
0.0846779, 0.0899738, 0.0942499, 0.098234, 0.0929997, 0.0811579,
0.0974795, 0.0836567, 0.0865926, 0.092583, 0.0939705, 0.101127,
0.0950186, 0.0872998, 0.0968718, 0.0895271, 0.08655, 0.0904789,
0.0933028, 0.0983129, 0.0965671, 0.0871214, 0.0967976, 0.0886257,
0.0863622, 0.0875161, 0.0901821, 0.0965434, 0.0942294, 0.0884789,
0.097189, 0.0917259, 0.0845943, 0.0895081, 0.0930739, 0.0983618,
0.0946461, 0.0886415, 0.0975821, 0.0910108, 0.0890598, 0.0908198,
0.0941773, 0.0981993, 0.0960872, 0.0870362, 0.0948213, 0.0882059,
0.086299, 0.0871057, 0.0899454, 0.0981503, 0.0951733, 0.089958,
0.0976168, 0.0922042, 0.0885642, 0.0916627, 0.0940194, 0.0968323,
0.0950833, 0.0894387, 0.0950707, 0.0910913, 0.0867063, 0.0910519,
0.0890772, 0.0968749, 0.0939673, 0.0879722, 0.0926351, 0.0887031,
0.0862343, 0.0890961, 0.0892808, 0.093407, 0.0911087, 0.0884758,
0.095459, 0.0878712, 0.0847458, 0.0897291, 0.0922405, 0.0962877,
0.095006, 0.0864616, 0.0926651, 0.0861191, 0.0838271, 0.0879991,
0.0898791, 0.0929666, 0.0929129, 0.0870046, 0.0945088, 0.0871988,
0.0841681, 0.0873551, 0.0887489, 0.0946966, 0.0932823, 0.0881159,
0.0958599, 0.0886573, 0.0864885, 0.0909508, 0.0929697, 0.0959878,
0.094062, 0.0894671, 0.0954937, 0.0878902, 0.0877102, 0.0905878,
0.0940526, 0.0970201, 0.0937969, 0.0842817, 0.0945798, 0.0884158,
0.0816409, 0.0858034, 0.0882485, 0.0932933, 0.0912539, 0.0858602,
0.0931718, 0.0873961, 0.0820955, 0.0875776, 0.0905499, 0.0942404,
0.0905941, 0.103157, 0.094062, 0.10642, 0.100677, 0.101563, 0.101542,
0.0972616, 0.0865532, 0.100378, 0.101454, 0.10126, 0.0981914,
0.0998882, 0.100528, 0.100894, 0.100932, 0.0864506, 0.0974021,
0.0886305, 0.0825344, 0.0859518, 0.0929019, 0.0968386, 0.0917811,
0.0804239, 0.098245, 0.0859723, 0.0878949, 0.0919911, 0.0924409,
0.1004, 0.0940384, 0.0815525, 0.0977352, 0.0812795, 0.0848563,
0.0910898, 0.0925941, 0.0994226, 0.0931244, 0.086258, 0.0936106,
0.0858397, 0.0828753, 0.0880827, 0.0892114, 0.0950928, 0.0930313,
0.0815604, 0.0997162, 0.08494, 0.0880654, 0.0919406, 0.0942215,
0.101984, 0.0957116, 0.0826401, 0.100442, 0.0826985, 0.0872161,
0.0937306, 0.095901, 0.0994873, 0.0963335, 0.0806765, 0.0975568,
0.0801098, 0.0861112, 0.0907157, 0.0944109, 0.1004, 0.0931228,
0.0950376, 0.10066, 0.097369, 0.0961851, 0.0963414, 0.0967723,
0.101527, 0.0998125, 0.0823086, 0.0981503, 0.077098, 0.0874687,
0.0921773, 0.0937606, 0.0971038, 0.0954874, 0.0870993, 0.0931607,
0.0878996, 0.0867537, 0.0913076, 0.0919942, 0.0970296, 0.0916406,
0.101759, 0.0922973, 0.104267, 0.0964345, 0.0985891, 0.0945498,
0.0960146, 0.0846874, 0.0965387, 0.0962988, 0.0978157, 0.0941094,
0.0986476, 0.0942199, 0.0911197, 0.0962372, 0.0963272, 0.0948339,
0.0988322, 0.0928466, 0.0963272, 0.0891782, 0.0890898, 0.0934654,
0.0956768, 0.0936374, 0.0988417, 0.0942073, 0.0968007, 0.0952649,
0.0749087, 0.0963477, 0.0969475, 0.0948323, 0.0983445, 0.0908909,
0.0938537, 0.0929082, 0.0970848, 0.0939216, 0.101045, 0.0880543,
0.106471, 0.100864, 0.101661, 0.0935522, 0.0924031, 0.0925862,
0.0968134, 0.097047, 0.0987754, 0.0947597, 0.0964756, 0.0965529,
0.0968844, 0.0960983, 0.0915744, 0.0987723, 0.0913423, 0.0889493,
0.0928498, 0.0952601, 0.0963082, 0.0970438, 0.0929034, 0.0996467,
0.0941394, 0.0908467, 0.0947061, 0.0970122, 0.101489, 0.0978678,
0.0854198, 0.0979309, 0.0867663, 0.085595, 0.0888357, 0.0938632,
0.100275, 0.0931749, 0.0870788, 0.0975379, 0.090591, 0.0872951,
0.0922626, 0.0920116, 0.0978678, 0.094695, 0.08846, 0.0973153,
0.0909524, 0.0862833, 0.0884347, 0.093961, 0.0975947, 0.0935917,
0.090984, 0.0947124, 0.0888073, 0.0867458, 0.0900906, 0.092542,
0.0952664, 0.0939563, 0.0910598, 0.0981914, 0.0919232, 0.0893945,
0.0940526, 0.0944835, 0.100611, 0.0962514, 0.10261, 0.0991085,
0.102049, 0.0980935, 0.0997683, 0.099773, 0.100692, 0.0993121,
0.101367, 0.0981282, 0.101404, 0.0987359, 0.101096, 0.0974132,
0.102531, 0.0976278, 0.104475, 0.0981298, 0.108663, 0.104338,
0.106013, 0.0987975, 0.100565, 0.103053, 0.106665, 0.101598,
0.105085, 0.100397, 0.105531, 0.1029, 0.0988654, 0.0992632, 0.107855,
0.0941694, 0.109804, 0.102979, 0.105433, 0.0987486, 0.095096,
0.100608, 0.103284, 0.0887425, 0.104491, 0.0995378, 0.102412,
0.0918916, 0.0936343, 0.0887662, 0.106377, 0.0920889, 0.106568,
0.101827, 0.103217, 0.094714, 0.0925104, 0.0944235, 0.102074,
0.0876818, 0.105388, 0.101183, 0.103779, 0.0904678, 0.0928071,
0.0916075, 0.0970375, 0.0977573, 0.0987944, 0.093156, 0.0976563,
0.0968907, 0.0988859, 0.0947913, 0.102125, 0.101752, 0.102679,
0.0970059, 0.101872, 0.100624, 0.100775, 0.0979214, 0.102014,
0.0998583, 0.101662, 0.100147, 0.104477, 0.092463, 0.0918348,
0.100049, 0.104772, 0.0914181, 0.106668, 0.10252, 0.104639, 0.0972096,
0.0947471, 0.0924299, 0.103552, 0.0879217, 0.10756, 0.100548,
0.102393, 0.0952759, 0.0958663, 0.0926903, 0.105587, 0.0929934,
0.110175, 0.104878, 0.106537, 0.0963666, 0.0953564, 0.0963982,
0.101574, 0.0848137, 0.103868, 0.0985418, 0.10189, 0.0980525,
0.0956563, 0.0953848, 0.100422, 0.087153, 0.1018, 0.097017, 0.0998977,
0.0956532, 0.0958615, 0.0883479, 0.102947, 0.0828437, 0.105197,
0.0983176, 0.102527, 0.0874356, 0.0865863, 0.0932254, 0.10261,
0.0910487, 0.101626, 0.100881, 0.105347, 0.0931371, 0.0873093,
0.0974811, 0.101257, 0.0860402, 0.10433, 0.0981961, 0.101705,
0.0939784, 0.0902247, 0.0916075, 0.101509, 0.0856645, 0.104469,
0.0971448, 0.0986428, 0.0967123, 0.0957147, 0.0855651, 0.108549,
0.102138, 0.106692, 0.100968, 0.104771, 0.104033, 0.10511, 0.104128,
0.100755, 0.0915807, 0.104643, 0.0974321, 0.0991511, 0.0974763,
0.0974826, 0.0885926, 0.103871, 0.100395, 0.103241, 0.100236,
0.103091, 0.0911971, 0.0933501, 0.100119, 0.10061, 0.0949649,
0.103298, 0.0993358, 0.100894, 0.098777, 0.0957684, 0.0970785,
0.105505, 0.105056, 0.107984, 0.101775, 0.102041, 0.104126, 0.106538,
0.104041, 0.102106, 0.0898822, 0.103945, 0.0979151, 0.0988954,
0.0961472, 0.098979, 0.0950739, 0.105323, 0.10401, 0.103231,
0.100359, 0.104796, 0.10434, 0.102048, 0.102638, 0.10137, 0.0939989,
0.0994999, 0.0958252, 0.0967328, 0.0952033, 0.0944361, 0.0923778,
0.104674, 0.0898175, 0.104007, 0.100809, 0.102985, 0.0982735,
0.100146, 0.0950786, 0.10173, 0.0833915, 0.102707, 0.0998093,
0.10364, 0.0925672, 0.0905341, 0.097953, 0.102134, 0.0765503,
0.102076, 0.0980793, 0.100578, 0.0959231, 0.0976784, 0.0945656,
0.102016, 0.0906888, 0.101096, 0.0999435, 0.102603, 0.093156,
0.0888594, 0.0929161, 0.102744, 0.0966666, 0.100447, 0.0965829,
0.0998014, 0.0999924, 0.0985497, 0.100599, 0.101887, 0.0994968,
0.101857, 0.100376, 0.102954, 0.101642, 0.101399, 0.0971085,
0.101563, 0.0939231, 0.103601, 0.0999861, 0.104373, 0.0978993,
0.0969302, 0.0991716, 0.0985434, 0.097189, 0.0988449, 0.0942294,
0.0969775, 0.0953406, 0.0943178, 0.0957889, 0.099249, 0.0894402,
0.100337, 0.0984676, 0.101045, 0.0947013, 0.0923178, 0.0949192,
0.102737, 0.0886005, 0.104254, 0.0979783, 0.100259, 0.0953864,
0.0965261, 0.0937606, 0.101571, 0.0895176, 0.103397, 0.0974021,
0.100684, 0.0971748, 0.0964456, 0.0939547, 0.0979735, 0.0891056,
0.100889, 0.0951686, 0.0987975, 0.0920337, 0.094111, 0.0934701,
0.0985197, 0.0899075, 0.100643, 0.0952727, 0.0964203, 0.0947771,
0.0913328, 0.0903731, 0.102003, 0.090089, 0.103991, 0.0978757,
0.0998788, 0.0976263, 0.0961362, 0.094785, 0.105254, 0.106257,
0.108327, 0.100655, 0.103602, 0.105495, 0.108242, 0.104548, 0.102731,
0.0995647, 0.102843, 0.0974921, 0.09935, 0.100078, 0.101258,
0.099743, 0.10561, 0.100389, 0.109088, 0.103512, 0.105064, 0.101104,
0.104456, 0.102783, 0.101298, 0.101497, 0.103494, 0.0986886,
0.101812, 0.100687, 0.10159, 0.100709, 0.102608, 0.0876692, 0.105186,
0.0990516, 0.101437, 0.0969081, 0.0965103, 0.0959736, 0.102305,
0.103271, 0.103683, 0.098133, 0.1021, 0.100299, 0.102647, 0.102802,
0.103855, 0.0928119, 0.10558, 0.0996609, 0.101992, 0.0955727,
0.0946603, 0.0928008, 0.104486, 0.103902, 0.105479, 0.101423,
0.103132, 0.105849, 0.106982, 0.102998, 0.103973, 0.100788, 0.104287,
0.101061, 0.102673, 0.100818, 0.100894, 0.103334, 0.0976705,
0.101361, 0.0997146, 0.0962262, 0.100534, 0.0993673, 0.10081,
0.0991779, 0.101415, 0.0932223, 0.105094, 0.1001, 0.102074, 0.0941804,
0.0968796, 0.0898459, 0.101983, 0.0941315, 0.104952, 0.100573,
0.102387, 0.0982971, 0.0984518, 0.0969649, 0.100319, 0.0831105,
0.101735, 0.0981993, 0.102273, 0.0923147, 0.0928577, 0.0927945,
0.101756, 0.0950912, 0.10428, 0.0995662, 0.103003, 0.0972806,
0.0962609, 0.0947266, 0.103072, 0.081794, 0.10744, 0.101025,
0.10449, 0.0936816, 0.0897575, 0.0900416, 0.09747, 0.100889,
0.0975031, 0.0911482, 0.0945277, 0.0964329, 0.097702, 0.0962214,
0.104703, 0.0848484, 0.108796, 0.102283, 0.105467, 0.0931497,
0.091025, 0.0885752, 0.105542, 0.0951086, 0.106652, 0.103896,
0.105107, 0.100468, 0.0997162, 0.0987344, 0.0981251, 0.086056,
0.101615, 0.0981267, 0.100843, 0.0921316, 0.0915065, 0.0911718,
0.101416, 0.0987644, 0.0981851, 0.0958173, 0.0984676, 0.0986302,
0.100726, 0.10054, 0.104932, 0.106153, 0.107446, 0.100428, 0.103416,
0.105246, 0.106894, 0.103509, 0.103855, 0.10228, 0.104472, 0.100712,
0.103672, 0.101195, 0.101924, 0.100141, 0.109258, 0.109691, 0.109998,
0.103233, 0.106407, 0.106232, 0.1108, 0.10579, 0.104308, 0.086007,
0.105096, 0.0986491, 0.10147, 0.0899043, 0.0877828, 0.0918174,
0.0881506, 0.0963114, 0.0894971, 0.0873093, 0.089988, 0.0914354,
0.0982419, 0.094062, 0.095478, 0.099522, 0.0972758, 0.0938632,
0.0961472, 0.0966097, 0.0993847, 0.0977936, 0.100719, 0.0876802,
0.101999, 0.0998393, 0.101921, 0.092392, 0.0925562, 0.0925183,
0.134074, 0.134228, 0.134359, 0.132153, 0.135526, 0.132714, 0.132342,
0.134015), dim = c(8L, 300L), dimnames = list(c("INLUP00130",
"INLUP00131", "INLUP00132", "INLUP00133", "INLUP00134", "INLUP00135",
"INLUP00136", "INLUP00137"), NULL))
c(0.218999433920273, 0.129410172693958, 0.140442685532782, 0.141012888785529,
0.171489531090472, 0.202095144736236, 0.188506081353626, 0.181779234755981
)
Following this guide, I managed to convert my IBS matrix into a phylo object. Now. everything works just fine for small test cases.
However, I'm now trying to scale to the entire dataset of 300 samples and the package phangorn seems to stop collaborating... and I couldn't find any way around this.
Everything works well till the command
pdist <- dist(ibs_matrix_t, method="euclidean", diag=TRUE, upper=TRUE, p=2)
but when I launch the
distances <- distanceHadamard(as.matrix(pdist))
I got prompted with:
Error in distanceHadamard(as.matrix(pdist)) : Hadamard conjugation works only efficient for n < 24
Anyone has any idea on how to circumvent this problem?
These are dputs of ibs_matrix_t and pdist in order — (first 8 rows out of 300)
structure(c(0, 0.0989238, 0.0866984, 0.0890377, 0.0914165, 0.0931102,
0.0986318, 0.0950865, 0.0989238, 0, 0.0960683, 0.0940636, 0.0947124,
0.0919737, 0.0954716, 0.092703, 0.0866984, 0.0960683, 0, 0.0859928,
0.0892208, 0.0946745, 0.0974526, 0.0934433, 0.0890377, 0.0940636,
0.0859928, 0, 0.0838224, 0.0890456, 0.0971622, 0.0871451, 0.0914165,
0.0947124, 0.0892208, 0.0838224, 0, 0.0801982, 0.102891, 0.0900543,
0.0931102, 0.0919737, 0.0946745, 0.0890456, 0.0801982, 0, 0.0900685,
0.0884174, 0.0986318, 0.0954716, 0.0974526, 0.0971622, 0.102891,
0.0900685, 0, 0.0962561, 0.0950865, 0.092703, 0.0934433, 0.0871451,
0.0900543, 0.0884174, 0.0962561, 0, 0.0935759, 0.0923257, 0.0935427,
0.0891956, 0.0914449, 0.0805139, 0.0849021, 0.0926714, 0.0934212,
0.0953785, 0.095036, 0.0876234, 0.0935885, 0.0918948, 0.0963966,
0.0965482, 0.0921473, 0.0889746, 0.0917827, 0.0912271, 0.0922736,
0.0904473, 0.0936927, 0.0729703, 0.0965576, 0.0964503, 0.0943083,
0.0905767, 0.0915317, 0.0935064, 0.0978441, 0.0938916, 0.0946982,
0.0887662, 0.0938126, 0.0884395, 0.0907393, 0.0917638, 0.100398,
0.0906494, 0.0967865, 0.0910535, 0.0932397, 0.0898207, 0.089194,
0.0907425, 0.0960557, 0.0909003, 0.09025, 0.100409, 0.0920037,
0.0882343, 0.0923431, 0.0947376, 0.101513, 0.0968497, 0.095901,
0.0856061, 0.0922752, 0.0886447, 0.0901048, 0.0877292, 0.0981756,
0.0902326, 0.0871767, 0.0933454, 0.0840213, 0.081442, 0.0850962,
0.0905404, 0.096665, 0.0911655, 0.0972948, 0.0974874, 0.0969081,
0.0914907, 0.0948292, 0.0942057, 0.102897, 0.0977478, 0.0877102,
0.0914733, 0.0808896, 0.0774264, 0.0832463, 0.0878254, 0.0967313,
0.0909003, 0.0943651, 0.0964456, 0.0940005, 0.0942373, 0.0973043,
0.0990011, 0.102625, 0.0952759, 0.0922941, 0.0888088, 0.0833362,
0.0903731, 0.0923226, 0.092542, 0.0974163, 0.0888672, 0.0993153,
0.0905483, 0.0984392, 0.0949918, 0.0998267, 0.0895113, 0.0917464,
0.0924851, 0.0902184, 0.101757, 0.0908577, 0.0914133, 0.0985939,
0.0994857, 0.0979609, 0.0984218, 0.100441, 0.0939247, 0.101168,
0.0978725, 0.100684, 0.097541, 0.0995394, 0.0972253, 0.0987075,
0.0971859, 0.0993626, 0.0960162, 0.0985023, 0.0960794, 0.0994636,
0.085052, 0.0941362, 0.0977068, 0.0926414, 0.0902169, 0.0941615,
0.0952143, 0.0990343, 0.0962467, 0.081873, 0.0962056, 0.0837687,
0.0825438, 0.0858602, 0.0922989, 0.100535, 0.090291, 0.0917212,
0.0991716, 0.0963951, 0.0900211, 0.0808454, 0.0911261, 0.101026,
0.0956342, 0.104924, 0.098878, 0.107656, 0.10472, 0.105492, 0.100477,
0.0990438, 0.0922594, 0.0978362, 0.0935996, 0.0989806, 0.0949207,
0.0959957, 0.0932917, 0.0976831, 0.0840986, 0.0929429, 0.100343,
0.0946335, 0.0871325, 0.0940447, 0.0959625, 0.0999498, 0.0956532,
0.0946145, 0.0963098, 0.095781, 0.0937479, 0.09559, 0.0957558,
0.0982971, 0.0973563, 0.0938347, 0.0874766, 0.0921189, 0.0891135,
0.0905799, 0.0891798, 0.0909035, 0.09037, 0.0941126, 0.100123,
0.0950865, 0.0924504, 0.0929666, 0.0960872, 0.10105, 0.0970501,
0.0999861, 0.098335, 0.100682, 0.0957289, 0.0994873, 0.0985134,
0.100916, 0.098706, 0.0940147, 0.0968307, 0.0953864, 0.0945309,
0.0998046, 0.0960778, 0.100861, 0.0967818, 0.107676, 0.0929839,
0.104215, 0.103053, 0.106594, 0.101137, 0.0980777, 0.0957479,
0.0886889, 0.0982892, 0.0920747, 0.0958189, 0.0956437, 0.0955758,
0.0979435, 0.0838003, 0.095901, 0.0884632, 0.0952617, 0.0872146,
0.0910266, 0.0938789, 0.0992647, 0.0925941, 0.0947108, 0.0870173,
0.0970043, 0.0905894, 0.0930408, 0.0902295, 0.0985576, 0.0915238,
0.101937, 0.100071, 0.102807, 0.0955963, 0.101451, 0.100998,
0.10204, 0.0985386, 0.0971464, 0.0895602, 0.0948623, 0.094392,
0.098245, 0.096283, 0.0949444, 0.0958378, 0.102501, 0.0996878,
0.104349, 0.0970217, 0.100136, 0.100532, 0.103538, 0.0991558,
0.0920211, 0.0990832, 0.0937274, 0.0906999, 0.0927282, 0.0931023,
0.102068, 0.0980209, 0.0956137, 0.0934354, 0.0958079, 0.0922531,
0.0959547, 0.0958931, 0.0982608, 0.0929003, 0.0802029, 0.0972064,
0.0835288, 0.0870425, 0.0909177, 0.0923936, 0.0992095, 0.0938963,
0.0819472, 0.0982561, 0.084127, 0.0855066, 0.0904805, 0.0936359,
0.100992, 0.0951386, 0.07754, 0.0957873, 0.0804523, 0.084408,
0.0896439, 0.091044, 0.0999624, 0.0908072, 0.0786718, 0.0966003,
0.0786418, 0.0851767, 0.088048, 0.0909793, 0.0977068, 0.0919011,
0.0812258, 0.0960857, 0.0809938, 0.0850094, 0.0872651, 0.0900069,
0.0976657, 0.0938931, 0.0818398, 0.0992695, 0.0830411, 0.0849763,
0.0899406, 0.0928529, 0.0989459, 0.0955742, 0.0887804, 0.0984629,
0.0881727, 0.0930345, 0.0957447, 0.0951023, 0.0984234, 0.0978299,
0.107519, 0.105978, 0.108082, 0.104025, 0.105388, 0.106567, 0.1006,
0.103568, 0.105902, 0.0961472, 0.107653, 0.103514, 0.105988,
0.0983176, 0.0993942, 0.102617, 0.0839881, 0.0948323, 0.088501,
0.085202, 0.092433, 0.0929303, 0.100826, 0.0910266, 0.0981267,
0.08846, 0.0968244, 0.092935, 0.0969365, 0.0905389, 0.097178,
0.090239, 0.109143, 0.0932349, 0.112368, 0.103964, 0.105658,
0.101666, 0.0983603, 0.0983729, 0.0986697, 0.0910487, 0.0969033,
0.0959941, 0.0973279, 0.0902137, 0.0961741, 0.0987849, 0.115569,
0.100498, 0.117357, 0.112919, 0.115032, 0.110759, 0.111072, 0.109585,
0.101018, 0.0937542, 0.100944, 0.0971117, 0.102098, 0.0987533,
0.100095, 0.0967139, 0.105457, 0.0901427, 0.105187, 0.0999403,
0.102382, 0.0986049, 0.098245, 0.0941094, 0.101662, 0.0904489,
0.104966, 0.0979609, 0.100018, 0.0997162, 0.0995457, 0.0921205,
0.101798, 0.0892335, 0.103173, 0.0956405, 0.097268, 0.0969665,
0.0978346, 0.0943556, 0.100578, 0.0937558, 0.103452, 0.0982466,
0.0984566, 0.0983287, 0.0998661, 0.098013, 0.095197, 0.0965198,
0.0976578, 0.0935475, 0.0961788, 0.094343, 0.096998, 0.0991069,
0.103924, 0.0966445, 0.102688, 0.0992284, 0.100916, 0.0979751,
0.0987075, 0.0985339, 0.101779, 0.0845738, 0.103265, 0.0998709,
0.101887, 0.0914575, 0.0892256, 0.0923731, 0.0974574, 0.0874655,
0.100654, 0.0953375, 0.0976847, 0.0928308, 0.0910976, 0.09189,
0.10284, 0.0941646, 0.101421, 0.0986933, 0.103247, 0.0976231,
0.0945861, 0.0985418, 0.101025, 0.0929776, 0.103722, 0.0978536,
0.10009, 0.0968812, 0.0986365, 0.094141, 0.0979372, 0.0877718,
0.102775, 0.0965024, 0.0993137, 0.0924962, 0.0935159, 0.0916249,
0.103899, 0.0967644, 0.107127, 0.101962, 0.10466, 0.0975837,
0.100981, 0.0979151, 0.102104, 0.0939026, 0.105553, 0.0986775,
0.100397, 0.0950123, 0.0967076, 0.0961835, 0.10177, 0.0911845,
0.102911, 0.098425, 0.101842, 0.0955079, 0.0940557, 0.0947787,
0.100884, 0.0916406, 0.10386, 0.0976405, 0.098908, 0.0975963,
0.0904268, 0.0945751, 0.104715, 0.0879928, 0.107905, 0.102946,
0.106998, 0.0944882, 0.0870062, 0.0937022, 0.101047, 0.0988622,
0.100543, 0.0978536, 0.100002, 0.0975694, 0.0982324, 0.100632,
0.10586, 0.102497, 0.104179, 0.104535, 0.106371, 0.10499, 0.10469,
0.10421, 0.104221, 0.102819, 0.10558, 0.102426, 0.104767, 0.103399,
0.10427, 0.102392, 0.103986, 0.102619, 0.105377, 0.102163, 0.104545,
0.103142, 0.104032, 0.102153, 0.10645, 0.0944567, 0.10959, 0.101921,
0.105427, 0.0965639, 0.0968544, 0.097208, 0.105738, 0.096987,
0.105279, 0.100297, 0.105476, 0.0976863, 0.0953943, 0.0986902,
0.103535, 0.0987517, 0.104796, 0.0979925, 0.100558, 0.101247,
0.102532, 0.0965308, 0.101779, 0.0885389, 0.105636, 0.0997288,
0.101997, 0.0933391, 0.0967739, 0.096534, 0.104696, 0.09019,
0.107729, 0.100922, 0.103102, 0.0963382, 0.0887425, 0.0919248,
0.10407, 0.0992079, 0.104933, 0.101776, 0.104502, 0.0992821,
0.100125, 0.0995315, 0.10522, 0.0902247, 0.10633, 0.102002, 0.104516,
0.0932728, 0.0878775, 0.0954511, 0.103588, 0.086509, 0.108477,
0.101752, 0.102966, 0.0942641, 0.0907125, 0.0899454, 0.0976468,
0.0852778, 0.100559, 0.0946145, 0.0977162, 0.0917259, 0.094905,
0.0910945, 0.0983176, 0.0892098, 0.101606, 0.0965229, 0.0994952,
0.0906825, 0.089063, 0.090209, 0.0990138, 0.0930281, 0.101396,
0.0962782, 0.0970943, 0.0887867, 0.0900116, 0.0944535, 0.104078,
0.097691, 0.105765, 0.100891, 0.103023, 0.0960162, 0.0977462,
0.0955395, 0.105332, 0.0977368, 0.10886, 0.101637, 0.104818,
0.0991306, 0.100176, 0.0967313, 0.104502, 0.103183, 0.10713,
0.102392, 0.103956, 0.102521, 0.105577, 0.103055, 0.104471, 0.0970864,
0.106092, 0.0993673, 0.102851, 0.0983255, 0.101391, 0.0937227,
0.104284, 0.102819, 0.105119, 0.101669, 0.102109, 0.0997272,
0.104037, 0.102827, 0.102264, 0.100546, 0.10313, 0.0992979, 0.0997288,
0.103048, 0.103872, 0.100696, 0.107495, 0.0977841, 0.111023,
0.104333, 0.106324, 0.102812, 0.104327, 0.0974574, 0.103224,
0.0868926, 0.106783, 0.101776, 0.102763, 0.0966934, 0.0956453,
0.0944867, 0.104188, 0.10058, 0.106573, 0.103555, 0.103828, 0.102185,
0.105029, 0.101626, 0.0996325, 0.0946382, 0.100509, 0.0976957,
0.1004, 0.0965971, 0.0949934, 0.092332, 0.102693, 0.0860781,
0.10279, 0.101148, 0.105677, 0.09562, 0.0871404, 0.0839834, 0.103246,
0.089999, 0.102878, 0.099058, 0.102554, 0.0981014, 0.0959862,
0.088501, 0.105907, 0.0886889, 0.10928, 0.102821, 0.104717, 0.0986191,
0.0937195, 0.0985055, 0.100075, 0.0923652, 0.104395, 0.100057,
0.103326, 0.0942136, 0.0955679, 0.0959057, 0.10135, 0.103809,
0.0982861, 0.0958615, 0.100542, 0.102526, 0.105673, 0.102059,
0.105254, 0.0913944, 0.10773, 0.103298, 0.105276, 0.0955821,
0.0940289, 0.0965892, 0.105306, 0.0854388, 0.108631, 0.102611,
0.105946, 0.0900306, 0.0863748, 0.0924993, 0.101309, 0.0904899,
0.104925, 0.099511, 0.100782, 0.0962688, 0.091205, 0.0923857,
0.107028, 0.0848942, 0.109902, 0.1041, 0.10645, 0.0925325, 0.0923052,
0.0968291, 0.101795, 0.0819566, 0.105105, 0.0992142, 0.101865,
0.0921805, 0.0870504, 0.0850363, 0.102867, 0.0937274, 0.10469,
0.100586, 0.102479, 0.0978204, 0.0978331, 0.0945151, 0.103733,
0.0922831, 0.105023, 0.0997257, 0.103348, 0.0873787, 0.0918301,
0.094081, 0.103576, 0.0897859, 0.101519, 0.0996688, 0.103351,
0.0888657, 0.0833346, 0.0955742, 0.107121, 0.0938584, 0.111536,
0.106283, 0.107607, 0.0993089, 0.103404, 0.0962119, 0.0967439,
0.0889872, 0.0956027, 0.0938663, 0.0976089, 0.0964487, 0.0966381,
0.0954385, 0.103523, 0.100076, 0.104409, 0.100848, 0.104366,
0.0947866, 0.0923052, 0.100854, 0.102245, 0.0949081, 0.104624,
0.0971038, 0.100606, 0.0947076, 0.0988938, 0.0962041, 0.101752,
0.090441, 0.106149, 0.100261, 0.102065, 0.0926682, 0.0883779,
0.0952885, 0.100644, 0.0959247, 0.101186, 0.0955221, 0.101033,
0.0972743, 0.098114, 0.09759, 0.108778, 0.098215, 0.108158, 0.103659,
0.109113, 0.0990564, 0.10025, 0.100865, 0.103394, 0.0895349,
0.105135, 0.100962, 0.104395, 0.0972332, 0.0991558, 0.0976247,
0.0775637, 0.0958836, 0.080476, 0.0844443, 0.0896802, 0.0911055,
0.100011, 0.0908214, 0.102226, 0.0891877, 0.105722, 0.0997557,
0.103492, 0.0852462, 0.0830742, 0.0899501, 0.105258, 0.0980256,
0.102453, 0.101598, 0.104785, 0.0984376, 0.0968055, 0.0980588,
0.10206, 0.0941615, 0.105367, 0.0998488, 0.101685, 0.0933675,
0.0965687, 0.0890235, 0.106431, 0.0926288, 0.110534, 0.103538,
0.106128, 0.0993958, 0.0940605, 0.0967407, 0.108246, 0.0870978,
0.110297, 0.10648, 0.109446, 0.0998409, 0.0990043, 0.0960494,
0.112399, 0.0927503, 0.114627, 0.110826, 0.113422, 0.104673,
0.10388, 0.0993658, 0.104988, 0.0970201, 0.103582, 0.09741, 0.100057,
0.10046, 0.103692, 0.0940384, 0.10076, 0.0823639, 0.103473, 0.0977336,
0.100359, 0.0946082, 0.0914607, 0.0778226, 0.105519, 0.0922057,
0.107086, 0.1041, 0.107236, 0.100109, 0.093849, 0.0975395, 0.101836,
0.095579, 0.103025, 0.0992237, 0.10153, 0.0996341, 0.10204, 0.0986839,
0.0950533, 0.100313, 0.0996136, 0.0961188, 0.0904663, 0.0945656,
0.10273, 0.101189, 0.0928656, 0.0991511, 0.0965924, 0.0898459,
0.0837545, 0.0922168, 0.100299, 0.0960052, 0.107356, 0.109702,
0.107582, 0.103954, 0.106526, 0.107219, 0.109814, 0.106117, 0.105631,
0.0989033, 0.106722, 0.103407, 0.104974, 0.103738, 0.103896,
0.0986018, 0.102561, 0.101471, 0.102357, 0.100516, 0.101718,
0.100352, 0.0992221, 0.100734, 0.108453, 0.108358, 0.107833,
0.105355, 0.106884, 0.107205, 0.1086, 0.106298, 0.104707, 0.104231,
0.10701, 0.101318, 0.103309, 0.102351, 0.106224, 0.10028, 0.105792,
0.10231, 0.107012, 0.104224, 0.106152, 0.105471, 0.103858, 0.105541,
0.107124, 0.108857, 0.10913, 0.10621, 0.106085, 0.107006, 0.110785,
0.10819, 0.101101, 0.103958, 0.102851, 0.0984029, 0.102344, 0.101418,
0.106087, 0.101661, 0.105265, 0.101912, 0.106109, 0.102658, 0.105315,
0.104802, 0.104044, 0.102662, 0.100026, 0.0916375, 0.101713,
0.0985118, 0.100575, 0.0959673, 0.093549, 0.0922231, 0.101683,
0.0931528, 0.104434, 0.099762, 0.102043, 0.0995283, 0.100649,
0.0964061, 0.100793, 0.0975158, 0.103793, 0.098234, 0.0997541,
0.0969459, 0.0988307, 0.0969965, 0.13559, 0.132812, 0.137319,
0.129868, 0.134463, 0.133253, 0.13485, 0.133991, 0.106297, 0.105877,
0.105421, 0.103864, 0.105883, 0.104218, 0.106614, 0.105752, 0.110276,
0.117834, 0.109252, 0.110256, 0.115476, 0.115342, 0.119373, 0.117236,
0.124328, 0.126844, 0.127086, 0.121113, 0.124492, 0.124036, 0.125005,
0.123247, 0.103655, 0.0935333, 0.10628, 0.100865, 0.10397, 0.0919406,
0.0898791, 0.0959752, 0.10594, 0.10546, 0.109506, 0.106131, 0.106313,
0.102917, 0.101566, 0.093658, 0.126792, 0.122151, 0.128637, 0.121862,
0.126088, 0.12084, 0.122128, 0.12065, 0.111621, 0.0982198, 0.115114,
0.109823, 0.113203, 0.107219, 0.108965, 0.105918, 0.114382, 0.113618,
0.114494, 0.111507, 0.113943, 0.1132, 0.113537, 0.113316, 0.110336,
0.111653, 0.110483, 0.106859, 0.109004, 0.110884, 0.111733, 0.109893,
0.103399, 0.0987738, 0.103928, 0.0987438, 0.103961, 0.100774,
0.102359, 0.0961457, 0.105505, 0.0999514, 0.104695, 0.102119,
0.105523, 0.103685, 0.104278, 0.10227, 0.104275, 0.094624, 0.104621,
0.101404, 0.103416, 0.0974511, 0.0977131, 0.0906825, 0.107053,
0.107372, 0.109438, 0.102089, 0.106109, 0.107992, 0.109239, 0.106231,
0.108807, 0.106881, 0.111858, 0.105857, 0.10594, 0.107249, 0.108174,
0.105967, 0.110354, 0.108608, 0.111583, 0.109882, 0.111285, 0.110008,
0.110589, 0.109424, 0.101372, 0.0988685, 0.103798, 0.100673,
0.103547, 0.100758, 0.101276, 0.0988007, 0.0998377, 0.0936722,
0.103726, 0.0984913, 0.100747, 0.0991479, 0.0965782, 0.0923068,
0.097571, 0.0953201, 0.0982892, 0.0966192, 0.0980383, 0.0936327,
0.095227, 0.0970138, 0.100815, 0.0825296, 0.10343, 0.0978552,
0.100477, 0.094815, 0.0914907, 0.0778273, 0.103571, 0.0978031,
0.105792, 0.101126, 0.102021, 0.100267, 0.103396, 0.102379, 0.101301,
0.101996, 0.103689, 0.0977794, 0.0991953, 0.101325, 0.102597,
0.0989191, 0.104007, 0.0996594, 0.103964, 0.102474, 0.105134,
0.103781, 0.0999609, 0.100902, 0.101746, 0.100502, 0.103421,
0.0999072, 0.10406, 0.100643, 0.100302, 0.0938711, 0.0925499,
0.0938568, 0.0940384, 0.0905278, 0.092834, 0.0928798, 0.0947266,
0.0879265, 0.103615, 0.101661, 0.103336, 0.101931, 0.10323, 0.102663,
0.101022, 0.0991906, 0.0957447, 0.0978725, 0.0977162, 0.0943288,
0.0948608, 0.0953422, 0.0991053, 0.0983413, 0.106531, 0.0898648,
0.110074, 0.104736, 0.105407, 0.0937842, 0.0949081, 0.0985071,
0.101812, 0.0987975, 0.104324, 0.0977005, 0.0997825, 0.0983697,
0.101754, 0.0991369, 0.101086, 0.0948103, 0.105527, 0.101662,
0.103931, 0.0959925, 0.0953296, 0.0944267, 0.102573, 0.101181,
0.102613, 0.101198, 0.104764, 0.101653, 0.100485, 0.103067, 0.101872,
0.101898, 0.102193, 0.100728, 0.102172, 0.101322, 0.102306, 0.102812,
0.104562, 0.103167, 0.104943, 0.100002, 0.104079, 0.102837, 0.104889,
0.102569, 0.0933801, 0.098305, 0.0947645, 0.0893755, 0.0913218,
0.0947834, 0.0995378, 0.0953201, 0.0913628, 0.0985986, 0.0950518,
0.0902689, 0.0917069, 0.0961157, 0.100523, 0.0954559, 0.0892413,
0.0967991, 0.0920211, 0.0898869, 0.0920037, 0.0946603, 0.0988243,
0.0959578, 0.0954274, 0.100516, 0.096455, 0.0950123, 0.0947392,
0.0975442, 0.103476, 0.101086, 0.0940021, 0.100584, 0.0972743,
0.095639, 0.0950186, 0.0982845, 0.103222, 0.0992253, 0.0931718,
0.099672, 0.0971259, 0.0943604, 0.093418, 0.0956326, 0.100652,
0.0999735, 0.0953043, 0.101549, 0.0960478, 0.0930076, 0.0965734,
0.0992868, 0.103375, 0.10001, 0.0864253, 0.0981914, 0.0879738,
0.0846779, 0.0899738, 0.0942499, 0.098234, 0.0929997, 0.0811579,
0.0974795, 0.0836567, 0.0865926, 0.092583, 0.0939705, 0.101127,
0.0950186, 0.0872998, 0.0968718, 0.0895271, 0.08655, 0.0904789,
0.0933028, 0.0983129, 0.0965671, 0.0871214, 0.0967976, 0.0886257,
0.0863622, 0.0875161, 0.0901821, 0.0965434, 0.0942294, 0.0884789,
0.097189, 0.0917259, 0.0845943, 0.0895081, 0.0930739, 0.0983618,
0.0946461, 0.0886415, 0.0975821, 0.0910108, 0.0890598, 0.0908198,
0.0941773, 0.0981993, 0.0960872, 0.0870362, 0.0948213, 0.0882059,
0.086299, 0.0871057, 0.0899454, 0.0981503, 0.0951733, 0.089958,
0.0976168, 0.0922042, 0.0885642, 0.0916627, 0.0940194, 0.0968323,
0.0950833, 0.0894387, 0.0950707, 0.0910913, 0.0867063, 0.0910519,
0.0890772, 0.0968749, 0.0939673, 0.0879722, 0.0926351, 0.0887031,
0.0862343, 0.0890961, 0.0892808, 0.093407, 0.0911087, 0.0884758,
0.095459, 0.0878712, 0.0847458, 0.0897291, 0.0922405, 0.0962877,
0.095006, 0.0864616, 0.0926651, 0.0861191, 0.0838271, 0.0879991,
0.0898791, 0.0929666, 0.0929129, 0.0870046, 0.0945088, 0.0871988,
0.0841681, 0.0873551, 0.0887489, 0.0946966, 0.0932823, 0.0881159,
0.0958599, 0.0886573, 0.0864885, 0.0909508, 0.0929697, 0.0959878,
0.094062, 0.0894671, 0.0954937, 0.0878902, 0.0877102, 0.0905878,
0.0940526, 0.0970201, 0.0937969, 0.0842817, 0.0945798, 0.0884158,
0.0816409, 0.0858034, 0.0882485, 0.0932933, 0.0912539, 0.0858602,
0.0931718, 0.0873961, 0.0820955, 0.0875776, 0.0905499, 0.0942404,
0.0905941, 0.103157, 0.094062, 0.10642, 0.100677, 0.101563, 0.101542,
0.0972616, 0.0865532, 0.100378, 0.101454, 0.10126, 0.0981914,
0.0998882, 0.100528, 0.100894, 0.100932, 0.0864506, 0.0974021,
0.0886305, 0.0825344, 0.0859518, 0.0929019, 0.0968386, 0.0917811,
0.0804239, 0.098245, 0.0859723, 0.0878949, 0.0919911, 0.0924409,
0.1004, 0.0940384, 0.0815525, 0.0977352, 0.0812795, 0.0848563,
0.0910898, 0.0925941, 0.0994226, 0.0931244, 0.086258, 0.0936106,
0.0858397, 0.0828753, 0.0880827, 0.0892114, 0.0950928, 0.0930313,
0.0815604, 0.0997162, 0.08494, 0.0880654, 0.0919406, 0.0942215,
0.101984, 0.0957116, 0.0826401, 0.100442, 0.0826985, 0.0872161,
0.0937306, 0.095901, 0.0994873, 0.0963335, 0.0806765, 0.0975568,
0.0801098, 0.0861112, 0.0907157, 0.0944109, 0.1004, 0.0931228,
0.0950376, 0.10066, 0.097369, 0.0961851, 0.0963414, 0.0967723,
0.101527, 0.0998125, 0.0823086, 0.0981503, 0.077098, 0.0874687,
0.0921773, 0.0937606, 0.0971038, 0.0954874, 0.0870993, 0.0931607,
0.0878996, 0.0867537, 0.0913076, 0.0919942, 0.0970296, 0.0916406,
0.101759, 0.0922973, 0.104267, 0.0964345, 0.0985891, 0.0945498,
0.0960146, 0.0846874, 0.0965387, 0.0962988, 0.0978157, 0.0941094,
0.0986476, 0.0942199, 0.0911197, 0.0962372, 0.0963272, 0.0948339,
0.0988322, 0.0928466, 0.0963272, 0.0891782, 0.0890898, 0.0934654,
0.0956768, 0.0936374, 0.0988417, 0.0942073, 0.0968007, 0.0952649,
0.0749087, 0.0963477, 0.0969475, 0.0948323, 0.0983445, 0.0908909,
0.0938537, 0.0929082, 0.0970848, 0.0939216, 0.101045, 0.0880543,
0.106471, 0.100864, 0.101661, 0.0935522, 0.0924031, 0.0925862,
0.0968134, 0.097047, 0.0987754, 0.0947597, 0.0964756, 0.0965529,
0.0968844, 0.0960983, 0.0915744, 0.0987723, 0.0913423, 0.0889493,
0.0928498, 0.0952601, 0.0963082, 0.0970438, 0.0929034, 0.0996467,
0.0941394, 0.0908467, 0.0947061, 0.0970122, 0.101489, 0.0978678,
0.0854198, 0.0979309, 0.0867663, 0.085595, 0.0888357, 0.0938632,
0.100275, 0.0931749, 0.0870788, 0.0975379, 0.090591, 0.0872951,
0.0922626, 0.0920116, 0.0978678, 0.094695, 0.08846, 0.0973153,
0.0909524, 0.0862833, 0.0884347, 0.093961, 0.0975947, 0.0935917,
0.090984, 0.0947124, 0.0888073, 0.0867458, 0.0900906, 0.092542,
0.0952664, 0.0939563, 0.0910598, 0.0981914, 0.0919232, 0.0893945,
0.0940526, 0.0944835, 0.100611, 0.0962514, 0.10261, 0.0991085,
0.102049, 0.0980935, 0.0997683, 0.099773, 0.100692, 0.0993121,
0.101367, 0.0981282, 0.101404, 0.0987359, 0.101096, 0.0974132,
0.102531, 0.0976278, 0.104475, 0.0981298, 0.108663, 0.104338,
0.106013, 0.0987975, 0.100565, 0.103053, 0.106665, 0.101598,
0.105085, 0.100397, 0.105531, 0.1029, 0.0988654, 0.0992632, 0.107855,
0.0941694, 0.109804, 0.102979, 0.105433, 0.0987486, 0.095096,
0.100608, 0.103284, 0.0887425, 0.104491, 0.0995378, 0.102412,
0.0918916, 0.0936343, 0.0887662, 0.106377, 0.0920889, 0.106568,
0.101827, 0.103217, 0.094714, 0.0925104, 0.0944235, 0.102074,
0.0876818, 0.105388, 0.101183, 0.103779, 0.0904678, 0.0928071,
0.0916075, 0.0970375, 0.0977573, 0.0987944, 0.093156, 0.0976563,
0.0968907, 0.0988859, 0.0947913, 0.102125, 0.101752, 0.102679,
0.0970059, 0.101872, 0.100624, 0.100775, 0.0979214, 0.102014,
0.0998583, 0.101662, 0.100147, 0.104477, 0.092463, 0.0918348,
0.100049, 0.104772, 0.0914181, 0.106668, 0.10252, 0.104639, 0.0972096,
0.0947471, 0.0924299, 0.103552, 0.0879217, 0.10756, 0.100548,
0.102393, 0.0952759, 0.0958663, 0.0926903, 0.105587, 0.0929934,
0.110175, 0.104878, 0.106537, 0.0963666, 0.0953564, 0.0963982,
0.101574, 0.0848137, 0.103868, 0.0985418, 0.10189, 0.0980525,
0.0956563, 0.0953848, 0.100422, 0.087153, 0.1018, 0.097017, 0.0998977,
0.0956532, 0.0958615, 0.0883479, 0.102947, 0.0828437, 0.105197,
0.0983176, 0.102527, 0.0874356, 0.0865863, 0.0932254, 0.10261,
0.0910487, 0.101626, 0.100881, 0.105347, 0.0931371, 0.0873093,
0.0974811, 0.101257, 0.0860402, 0.10433, 0.0981961, 0.101705,
0.0939784, 0.0902247, 0.0916075, 0.101509, 0.0856645, 0.104469,
0.0971448, 0.0986428, 0.0967123, 0.0957147, 0.0855651, 0.108549,
0.102138, 0.106692, 0.100968, 0.104771, 0.104033, 0.10511, 0.104128,
0.100755, 0.0915807, 0.104643, 0.0974321, 0.0991511, 0.0974763,
0.0974826, 0.0885926, 0.103871, 0.100395, 0.103241, 0.100236,
0.103091, 0.0911971, 0.0933501, 0.100119, 0.10061, 0.0949649,
0.103298, 0.0993358, 0.100894, 0.098777, 0.0957684, 0.0970785,
0.105505, 0.105056, 0.107984, 0.101775, 0.102041, 0.104126, 0.106538,
0.104041, 0.102106, 0.0898822, 0.103945, 0.0979151, 0.0988954,
0.0961472, 0.098979, 0.0950739, 0.105323, 0.10401, 0.103231,
0.100359, 0.104796, 0.10434, 0.102048, 0.102638, 0.10137, 0.0939989,
0.0994999, 0.0958252, 0.0967328, 0.0952033, 0.0944361, 0.0923778,
0.104674, 0.0898175, 0.104007, 0.100809, 0.102985, 0.0982735,
0.100146, 0.0950786, 0.10173, 0.0833915, 0.102707, 0.0998093,
0.10364, 0.0925672, 0.0905341, 0.097953, 0.102134, 0.0765503,
0.102076, 0.0980793, 0.100578, 0.0959231, 0.0976784, 0.0945656,
0.102016, 0.0906888, 0.101096, 0.0999435, 0.102603, 0.093156,
0.0888594, 0.0929161, 0.102744, 0.0966666, 0.100447, 0.0965829,
0.0998014, 0.0999924, 0.0985497, 0.100599, 0.101887, 0.0994968,
0.101857, 0.100376, 0.102954, 0.101642, 0.101399, 0.0971085,
0.101563, 0.0939231, 0.103601, 0.0999861, 0.104373, 0.0978993,
0.0969302, 0.0991716, 0.0985434, 0.097189, 0.0988449, 0.0942294,
0.0969775, 0.0953406, 0.0943178, 0.0957889, 0.099249, 0.0894402,
0.100337, 0.0984676, 0.101045, 0.0947013, 0.0923178, 0.0949192,
0.102737, 0.0886005, 0.104254, 0.0979783, 0.100259, 0.0953864,
0.0965261, 0.0937606, 0.101571, 0.0895176, 0.103397, 0.0974021,
0.100684, 0.0971748, 0.0964456, 0.0939547, 0.0979735, 0.0891056,
0.100889, 0.0951686, 0.0987975, 0.0920337, 0.094111, 0.0934701,
0.0985197, 0.0899075, 0.100643, 0.0952727, 0.0964203, 0.0947771,
0.0913328, 0.0903731, 0.102003, 0.090089, 0.103991, 0.0978757,
0.0998788, 0.0976263, 0.0961362, 0.094785, 0.105254, 0.106257,
0.108327, 0.100655, 0.103602, 0.105495, 0.108242, 0.104548, 0.102731,
0.0995647, 0.102843, 0.0974921, 0.09935, 0.100078, 0.101258,
0.099743, 0.10561, 0.100389, 0.109088, 0.103512, 0.105064, 0.101104,
0.104456, 0.102783, 0.101298, 0.101497, 0.103494, 0.0986886,
0.101812, 0.100687, 0.10159, 0.100709, 0.102608, 0.0876692, 0.105186,
0.0990516, 0.101437, 0.0969081, 0.0965103, 0.0959736, 0.102305,
0.103271, 0.103683, 0.098133, 0.1021, 0.100299, 0.102647, 0.102802,
0.103855, 0.0928119, 0.10558, 0.0996609, 0.101992, 0.0955727,
0.0946603, 0.0928008, 0.104486, 0.103902, 0.105479, 0.101423,
0.103132, 0.105849, 0.106982, 0.102998, 0.103973, 0.100788, 0.104287,
0.101061, 0.102673, 0.100818, 0.100894, 0.103334, 0.0976705,
0.101361, 0.0997146, 0.0962262, 0.100534, 0.0993673, 0.10081,
0.0991779, 0.101415, 0.0932223, 0.105094, 0.1001, 0.102074, 0.0941804,
0.0968796, 0.0898459, 0.101983, 0.0941315, 0.104952, 0.100573,
0.102387, 0.0982971, 0.0984518, 0.0969649, 0.100319, 0.0831105,
0.101735, 0.0981993, 0.102273, 0.0923147, 0.0928577, 0.0927945,
0.101756, 0.0950912, 0.10428, 0.0995662, 0.103003, 0.0972806,
0.0962609, 0.0947266, 0.103072, 0.081794, 0.10744, 0.101025,
0.10449, 0.0936816, 0.0897575, 0.0900416, 0.09747, 0.100889,
0.0975031, 0.0911482, 0.0945277, 0.0964329, 0.097702, 0.0962214,
0.104703, 0.0848484, 0.108796, 0.102283, 0.105467, 0.0931497,
0.091025, 0.0885752, 0.105542, 0.0951086, 0.106652, 0.103896,
0.105107, 0.100468, 0.0997162, 0.0987344, 0.0981251, 0.086056,
0.101615, 0.0981267, 0.100843, 0.0921316, 0.0915065, 0.0911718,
0.101416, 0.0987644, 0.0981851, 0.0958173, 0.0984676, 0.0986302,
0.100726, 0.10054, 0.104932, 0.106153, 0.107446, 0.100428, 0.103416,
0.105246, 0.106894, 0.103509, 0.103855, 0.10228, 0.104472, 0.100712,
0.103672, 0.101195, 0.101924, 0.100141, 0.109258, 0.109691, 0.109998,
0.103233, 0.106407, 0.106232, 0.1108, 0.10579, 0.104308, 0.086007,
0.105096, 0.0986491, 0.10147, 0.0899043, 0.0877828, 0.0918174,
0.0881506, 0.0963114, 0.0894971, 0.0873093, 0.089988, 0.0914354,
0.0982419, 0.094062, 0.095478, 0.099522, 0.0972758, 0.0938632,
0.0961472, 0.0966097, 0.0993847, 0.0977936, 0.100719, 0.0876802,
0.101999, 0.0998393, 0.101921, 0.092392, 0.0925562, 0.0925183,
0.134074, 0.134228, 0.134359, 0.132153, 0.135526, 0.132714, 0.132342,
0.134015), dim = c(8L, 300L), dimnames = list(c("INLUP00130",
"INLUP00131", "INLUP00132", "INLUP00133", "INLUP00134", "INLUP00135",
"INLUP00136", "INLUP00137"), NULL))
c(0.218999433920273, 0.129410172693958, 0.140442685532782, 0.141012888785529,
0.171489531090472, 0.202095144736236, 0.188506081353626, 0.181779234755981
)
- Is there any way you can get access to the original pedigree information? – Ben Bolker Commented Mar 16 at 22:41
- @Ben Bolker No, unfortunately... I'm experimenting splitting the matrix in blocks of 23 rows which is not even too bad I guess, based on what I've seen around. The real problem in my case is that after the transformation each distance block assumes different sizes and I cannot easily put them back together. Any help in this direction would be also relevant – Matteo Commented Mar 16 at 22:45
1 Answer
Reset to default 3You can hack the function to remove the test that throws an error if n>23, but it's probably not going to do you much good, as the required memory seems to double for every additional increment of n ... you probably need to find a different way to approach your problem. Is there a reason you can't use one of the methods that is designed for constructing phylogenies from distance matrix (e.g. phangorn::upgma, or see the phylogenetics task view for other possibilities)?
This is a too-clever hack of the function to remove the test. It would be better practice to use dump() to output the text of the function, or to download the source code from CRAN, create a modified version of the function, and either include it directly in your code or source() it from a file.
myfun <- phangorn::distanceHadamard
chrs <- sapply(body(myfun), deparse)
test_el <-grep("works only efficient", chrs)
body(myfun) <- body(myfun)[-test_el]
Now let's test it. (By the way, I would think you should be trying to construct the tree directly from your IBS matrix, which is already a distance matrix, rather than constructing another distance matrix ... ??)
library(phangorn)
library(ape)
library(peakRAM)
testfun <- function(n) {
set.seed(101)
tree <- rcoal(n)
m <- cophenetic(tree)
fit <- myfun(m)
par(mfrow=c(1,2))
plot(tree)
plot(as.phylo(fit))
}
peakRAM(testfun(24))
Function_Call Elapsed_Time_sec Total_RAM_Used_MiB Peak_RAM_Used_MiB
1 testfun(24) 0.435 0 352.7
This shows that (1) we can we recover the correct topology, and that n=24 takes about 353 Mb to compute.
Now a slightly-too-clever exploration of what happens with larger examples
lapply(25:28, function(n) peakRAM(testfun(n))) |> do.call(what = rbind)
Function_Call Elapsed_Time_sec Total_RAM_Used_MiB Peak_RAM_Used_MiB
1 testfun(n) 1.140 0 576.7
2 testfun(n) 2.251 0 1152.7
3 testfun(n) 4.171 0 2304.7
4 testfun(n) 7.937 0 4608.8
Both the time and the required memory double when we increase n by 1. So each increase of n by 10 will increase the time and memory requirements about a thousandfold (2^10 = 1024) ...