一、Gromacs 分子动力学该怎么选择合适的安装方式

安装好的友友如需了解全面的流程请移步：《分子动力学新手入门：一文读懂GROMACS使用全流程，轻松开启模拟之旅》

模拟教程：【精准还原膜蛋白动态行为：基于 GROMACS 的分子动力学模拟探索】GROMACS 蛋白-配体分子动力学模拟 绘制 RMSD变化图 绘制 RMSF变化图 GROMACS 对膜蛋白进行分子动力学模拟

首先根据Gromacs的官网我们可以得到目前最新的版本于2024 年 10 月 31 日发布是2024.4的版本

这里强调一下：互联网上已有的Gromacs版本分为两种

预编译的Groamcs版本（底层是WSL子系统，由于无人维护最新版大概是2020的gpu版本）

优点：
·········1. windows可直接使用；
·········2. 适合新手练习命令；安装简单；
缺点：
·········1. 版本低；
·········2. 性能差；
·········3. 分析和模拟的结果和官网源码编译的版本差距很大，结果不准确；

官网源码编译的版本 官网只提供Linux的版本 不提供windows的安装包
官网源码编译的版本分为三种哦：Groamcs普通版安装（安装后只有gmx）、Gromacs MPI 加速（安装后没有gmx 而是gmx_mpi）、第三种就是CUDA支持的GPU加速的版本**（在前两种的基础上实现了模拟的时候可使用显卡GPU进行加速模拟）

优点：
·········1. GROMACS官网一直维护BUG目前最新2024.4版本；
·········2. 分析、模拟结果准确；官网提供准确的一些模拟流程可直接拿下来学习；
·········3. 支持GPU加速、MPI并行、OpenMP多线程、特殊的模拟模块 如自由能计算、稳态模拟等；
缺点：
·········1. windows无法直接使用，需要安装载体来承载Linux系统，载体分为虚拟机、WSL2子系统、双系统，前两个都是基于windows的基础上，双系统是开机选择进入windwos还是Linux，脱离并平行与win；
·········2. 三个载体的性能（程度）：虚拟机 > WSL2子系统 > 双系统（性能最佳） ;
·········3. 安装加速版笔记本或者主机需要有nvidia的显卡；

• 注意点：
• • 1、WSL2子系统有nvidia的显卡的情况下能安装GPU加速版，但是加速效果和显卡有关，性能是无法完全释放的，因为本质还是windwos系统，数据会走子系统到windows的过程这里就比虚拟机快，比双系统慢。
• • 2、对于要安装官网源码编译版本的朋友，没有NVIDIA显卡的电脑或者服务器，可另辟蹊径安装GROMACS MPI 加速的版本，比纯普通版的GROMACS效率会快一些，虽然比不上有GPU加速的快，也不失为一种加速手段。
• 下面我给一个Gromacs MPI 安装后的文件截图：
  
  普通版的就是gmx 而不是gmx_mpi

那么接下我们讲一下，到底该选择什么样的安装方式最恰当。

二、Gromacs分子动力学工具详情介绍

首先这个软件是Linux的软件，从官网提供的下载文件可以看出默认没有Windows可以直接用的版本，所以Windows的话要安装载体来安装Linux系统（Ubuntu/CentOs二选一），这个载体也就是WSL系统或者虚拟机，还有一种载体叫双系统，为虚拟机的升级版。

1.了解Gromacs在Windows系统上安装的前提

直接有Linux电脑、超算或者服务器的友友跳过这里看下面的第三点哈（这里讲解Windows）。

由于Windows不能直接安装Linux系统的软件，因此我们要安装相应的载体来承载Linux系统，载体通常分为三种“虚拟机”、“WSL2子系统”、“双系统”

2.Gromacs使用WSL/WSL2子系统和虚拟机载体安装的区别

了解了载体和Linux系统有哪些以后，如何选择呢？网络上大多数是虚拟机的版本，但是电脑配置不好的同学可能体验不是很好没会卡顿，还容易出现 虚拟机无法上网

下面详细讲一下WSL/WSL2子系统和虚拟机安装的区别；

1. WSL2子系统默认是没有可视化的页面的如图1，虚拟机安装是默认有可视化页面的如图2；
2. 若WSL子系统也想安装图二的可视化页面需要额外复杂配置，是另一种技术（X11、XServer等）；
3. 其次是WSL2系统和双系统才可以安装CUDA支持的GPU加速版本的Gromacs，虚拟机则只能安装普通版，因为虚拟机默认调用不了windows系统的显卡；

（其次Gromacs动力学软件本身就是无可视化的软件，相当于安装后不像VMD、Grace这种作图的Linux软件有自己的窗体，Gromacs全靠gmx命令驱动，所以选择WSL子系统还是虚拟机全凭自己喜好，以及自己的显卡和内存的好与坏！）

图1（WSL 子系统安装的Ubuntu+Gromacs2023.2 默认无可视化，打开Linux（Ubuntu系统）就是黑色命令框）

图2（虚拟机安装的Ubuntu+Gromacs2023.2）

图3图4 WSL子系统额外安装可视化后的样子（可视化页面需要额外复杂配置，是另一种技术（X11、XServer等）；）

3.Gromacs动力学双系统载体安装

双系统是虚拟机的升级版，没有虚拟机的那一层壳子，自然独立于Windows系统（使用时一般是开机的时候选择是要进入Windows系统还是Linux系统）

选择进入什么系统

这是双系统安装的CUDA支持的Gromacs2023.2加速版。

双系统的安装的话最优是使用U盘的方式安装，需要提前准备一个10G以内的空U盘来作为安装的启动盘。

三、Gromacs分子动力学工具 Linux的安装：

如果有Linux系统的电脑、超算或者服务器安装Gromacs的话就方便很多，纯Linux系统的优势肯定是比Windows快的。

有了纯Linux系统的电脑、超算或者服务器安装Gromacs就只需要考虑一个“性能”以及Gromacs的版本。

例如：Gromacs2018、Groamcs2019、 Groamcs2021的版本是众多老一辈技术家常用的，所以网络上能找到的学习教程大多数都是老版本的，虽然现在更新很快到了Gromacs2024.0了，所做的更新对于一些新手可能初次使用跟着教程并不是学的很舒畅。
当然有专业老师教的话，肯定是建议安装最新的版本，性能更稳定。

其次Gromacs如果模拟一写小型的计算，正常电脑都没问题，但是如果根据需求所做的模拟量大了，普通的笔记本可能安装了CUDA加速版的情况下依然要跑30个小时,这就需要考虑换一个好的显卡或者是租用某些平台的超算来进行；

四、Gromacs分子动力学工具版本选择

NVIDIA显卡查询方式：

1.电脑右下角有这个图标

2.搜索NVIDIA以后出现了NVIADIA控制面板即可安装Groamcs加速版。

3.下面提供一下 Gromacs CUDA支持的GPU搭配MPI 加速版的截图：

五、与我联系——解决Gromacs安装问题

了解清楚了Gromacs安装之前的这些知识以后，如果嫌弃麻烦需要远程安装的友友可以联系！
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